Ошибка 413 Request Entity Too Large появляется в окне браузера при загрузке файлов больше 1 мегабайта. Одна из причин — это дефолтные настройки nginx, а точнее параметра client_max_body_size, который по умолчанию равен 1m.  php.ini тут вовсе не при чем.

Директива client_max_body_size задаёт максимально допустимый размер тела запроса клиента, указываемый в строке "Content-Length" в заголовке запроса. Если размер больше заданного, то клиенту возвращается ошибка "Request Entity Too Large" (413).

Решение:

В файл nginx.conf (обычно расположен в /etc/nginx/nginx.conf), в секцию http, добавить/изменить строку:

client_max_body_size 100m;

или 100m замените на нужное значение, соответствующее размерами загружаемого содержимого в мегабайтах. Перезапустить nginx:

service nginx restart

Написанное актуально для
nginx 0.7.65
nginx 0.6.75